为贯彻落实水利部与江西省人民政府2010年签署的《合作备忘录》精神，加强鄱阳湖治理与保护，水利部于2011年5月批准江西省水利厅设立水利部鄱阳湖水资源水生态环境研究中心（下称中心），主要开展鄱阳湖水资源与水生态环境保护方面的研究任务。江西省水利厅于2012年7月制定印发了《水利部鄱阳湖水资源水生态环境研究中心运行管理方案》，筹巨资整合打造江西水土保持生态科技园等4个各具特色的水利科研创新基地，升级鄱阳湖水资源水环境科研创新整体效能。中心自成立以来，围绕全省水利中心工作，以保护鄱阳湖“一湖清水”为战略制高点，不断推进“项目、基地、人才”一体化建设，立足水资源配置、水环境水生态保护、南方红壤区水土保持生态建设、农业高效节水灌溉等问题，组织开展重大项目研究近百项，取得了丰硕的科研成果。 中心挂靠欧宝APP，由管理委员会、顾问委员会、综合办公室等组成。管理委员会作为中心的决策管理机构，顾问委员会由水利部分管领导及国内相关领域的知名专家组成，由管理委员会聘任。中心管理委员会下设综合办公室，负责中心日常工作，办公地点设在省水科院。